Στον χώρο του προθαλάμου παρουσιάζεται η ιστορία της περιοχής μέχρι την ανακάλυψη της Αγοράς στις αρχές της δεκαετίας του ’60, καθώς και το χρονικό της αρχαιολογικής έρευνας έως το 2009 οπότε ολοκληρώθηκαν οι εργασίες ανοικοδόμησης του μουσείου και τα έργα ανασκαφής, αναστήλωσης, στερέωσης, διαμόρφωσης και ανάδειξης του αρχαιολογικού χώρου.

Αφετηρία της αφήγησης αποτελεί η μεγάλη πυρκαγιά του 1917 που μεταξύ άλλων είχε ως αποτέλεσμα την ολοκληρωτική καταστροφή της εβραϊκής συνοικίας Ρογκός που αναπτύχθηκε στην περιοχή της αρχαίας αγοράς από τον 16ο αιώνα. Στο τμήμα αυτό της έκθεσης παρουσιάζονται τα σχεδία του Εμπράρ και της κυβέρνησης Βενιζέλου στο πλαίσιο του σχεδιασμού για τη συνολική ανάπλαση της περιοχής και του λεγόμενου άξονα της Αριστοτέλους, καθώς και στοιχεία για τις ποικίλες χρήσεις του χώρου κατά τη διάρκεια των δεκαετιών που μεσολάβησαν έως την έναρξη των εργασιών για την ανοικοδόμηση των Δικαστηρίων στις αρχές της δεκαετίας του 1960 που οδήγησαν στην αποκάλυψη των αρχαιολογικών καταλοίπων. Η περιοχή αποτέλεσε χώρο διαδηλώσεων, εργατικών συγκεντρώσεων και υπαίθριας αγοράς, χώρο φιλοξενίας τσίρκων και άλλων ευκαιριακών ψυχαγωγικών δραστηριοτήτων, παραγκούπολη, στρατόπεδο συγκέντρωσης αιχμαλώτων.

Η αποκάλυψη των καταλοίπων του συγκροτήματος της Αγοράς κατά τις εργασίες εκσκαφής των θεμελίων του κτιρίου των Δικαστηρίων, που σύμφωνα με το σχέδιο Εμπράρ θα καταλάμβανε την περιοχή του σημερινού αρχαιολογικού χώρου, σηματοδότησε μία περίοδο έντονης δραστηριότητας από την πλευρά της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας για τη διάσωσή του και τη συνέχιση της ανασκαφικής έρευνας. Πληροφορίες, τεκμήρια και γεγονότα αυτής της περιόδου παρουσιάζονται σε ξεχωριστή ενότητα με το πιο χαρακτηριστικό όλων την καταλυτικής σημασίας αναστήλωση του μοναδικού διασωθέντος κίονα της Αγοράς από τον τότε έφορο αρχαιοτήτων Φώτη Πέτσα, που θα οδηγήσει στη ματαίωση των σχεδίων του Υπουργείου Δικαιοσύνης και την κήρυξη του χώρου σε αρχαιολογικό.

Τέλος, γίνεται εκτενής αναφορά στη δεύτερη περίοδο εργασιών (1989-2009), στην κατασκευή του μουσείου και στην υλοποίηση της έκθεσης παράλληλα με παρουσίαση πλούσιου εποπτικού υλικού που περιλαμβάνει φωτογραφίες, αρχειακά τεκμήρια και αποσπάσματα παλαιών εφημερίδων, καθώς και σύντομη προβολή εικόνων σχετικών με την πόλη, την ιστορία και τις ανασκαφές σε αυτήν.