Στο δυτικό τμήμα της νότιας πτέρυγας του συγκροτήματος της Αγοράς, αμέσως δυτικά της κτιστής μνημειώδους κλίμακας ανόδου που οδηγεί στην κύρια είσοδο στη ΝΑ γωνία της πλατείας και σε χαμηλότερο επίπεδο από αυτή κατά 3,50μ. αναπτύσσεται ζώνη με σειρά καταστημάτων – εργαστηρίων εικ 1-15. Τα καταστήματα – εργαστήρια είναι κτισμένα κατά μήκος της νότιας παρειάς της κρυπτής στοάς και σε επαφή με αυτή και εκτείνονται στον άξονα Α-Δ και πέραν των ορίων του αρχαιολογικού χώρου, κάτω από το επίπεδο της οδού Μακεδονικής Αμύνης και των όμορων προς δυσμάς οικοπέδων, όπου διαπιστώθηκε το δυτικό πέρας της Αγοράς κατά τη διάρκεια σωστικής ανασκαφής σε οικόπεδο της οδού Γκαρμπολά.

Η χρήση της περιοχής, όπως τεκμηριώθηκε από τη συστηματική ανασκαφική έρευνα, υπήρξε ευρεία και συνεχής, από την ελληνιστική περίοδο έως και τους οθωμανικούς χρόνους.

Στους μέσους ελληνιστικούς χρόνους, πριν την ανοικοδόμηση των καταστημάτων, η περιοχή χρησιμοποιήθηκε για εργαστηριακές δραστηριότητες. Πασσαλότρυπες και λάκκοι διανοιγμένοι στο φυσικό έδαφος και ένας λασπόχτιστος τοίχος αποτελούν τα κατάλοιπα της οργάνωσης και χρήσης του χώρου κατά την περίοδο αυτή, ενώ το αποσπασματικά σωζόμενο, λόγω μεταγενέστερων επεμβάσεων, στρώμα κεραμικής παρέχει σαφείς χρονολογικές ενδείξεις για την πρώτη ανθρώπινη δραστηριότητα στην περιοχή. Εντοπίστηκαν, μεταξύ άλλων ευρημάτων, ένα σύνολο θραυσμάτων πήλινων ειδωλίων, μεγάλος αριθμός πήλινων μητρών για την κατασκευή τους και μεγάλη ποσότητα υπολειμμάτων άψητου πηλού, στοιχεία που τεκμηριώνουν την εργαστηριακή χρήση του χώρου κατά την περίοδο αυτή.

Η επόμενη φάση συστηματικής οργάνωσης και χρήσης του χώρου αφορά στην ανοικοδόμηση των καταστημάτων. Ο σχεδιασμός τους εντάσσεται στο συνολικό πρόγραμμα ανοικοδόμησης του συγκροτήματος της Αγοράς, η κατασκευή τους ωστόσο τοποθετείται χρονολογικά σε μία επόμενη φάση. Ανασκαφικά αυτό ανιχνεύεται στις αναμονές που είχαν αφεθεί στον νότιο τοίχο της κρυπτής στοάς η οποία, σύμφωνα με τον αρχικό σχεδιασμό, θα αποδιδόταν προς αποθηκευτική ή εργαστηριακή χρήση στα καταστήματα, όπως προκύπτει από την ύπαρξη θυρών επικοινωνίας στα δύο πρώτα από αυτά στα ανατολικά, κάτι που απουσιάζει από τα υπόλοιπα. Ο σχεδιασμός αυτός αναθεωρήθηκε, καθώς η στοά απέκτησε ανεξάρτητη είσοδο από τον πλακόστρωτο δρόμο που αναπτύσσεται κατά μήκος της νότιας πλευράς της ζώνης των καταστημάτων και αποδόθηκε σε δημόσια χρήση.

Τα καταστήματα είναι τετράγωνοι σε κάτοψη χώροι σε σειρά εικ 16-20, οι διαχωριστικοί τοίχοι των οποίων αντιστοιχούν ανά δύο πεσσούς της κεντρικής πεσσοστοιχίας της κρυπτής στοάς. Ο αρχικός σχεδιασμός προέβλεπε την κατασκευή τους ανά τέσσερις πεσσούς, κάτι που εντοπίζεται στα δύο πρώτα ανατολικά καταστήματα. Η καθιέρωση, ωστόσο, νέου μετρικού συστήματος, που εφαρμόστηκε από το τρίτο κατάστημα και προς τα δυτικά είχε ως αποτέλεσμα οι διαχωριστικοί τοίχοι να επαναλαμβάνουν τη διαδοχή των πώρινων τόξων ανά δύο πεσσούς. Από την αρχή αυτή αποκλίνουν το 11ο και το 12ο κατάστημα εικ 21, καθώς τα πώρινα τόξα εδράζονται σε συνεχόμενους πεσσούς με αποτέλεσμα τα συγκεκριμένα καταστήματα να καταλαμβάνουν μήκος ενάμισι μεταξονίου και άρα να προκύπτουν μικρότερα ως προς το πλάτος.

Η πρόσβαση στα καταστήματα γινόταν από το βόρειο πεζοδρόμιο της πλακόστρωτης εμπορικής οδού μέσω εισόδου εικ 22-24 με πλάτος περίπου 1,70μ. η οποία ήταν κατασκευασμένη στο μέσο περίπου του νότιου τοίχου κάθε καταστήματος και πλαισιωνόταν από πλίνθινες αντηρίδες διαμορφωμένες στην προέκταση των διαχωριστικών τοίχων επί του πεζοδρομίου εικ 25.

Το πλάτος των νότιων και εγκάρσιων τοίχων των καταστημάτων κυμαίνεται από 0,70μ. έως 1,10μ. Ο βόρειος τοίχος τους, που αποτελεί ταυτόχρονα τον νότιο τοίχο της κρυπτής στοάς, συνιστά μία περισσότερο ενισχυμένη κατασκευή για την αποτελεσματική στήριξη της τοξωτής στέγασής της και της υπερκείμενης νότιας στοάς της Αγοράς. Το πλάτος του αγγίζει το 1,80μ. το οποίο σε μεταγενέστερη φάση, με την προσθήκη υδραυλικού κονιάματος στη βόρεια παρειά του κατά τη μετατροπή της κρυπτής στοάς σε δεξαμενή, αυξάνεται στα 2,00μ.

Στο εσωτερικό όλων των καταστημάτων εντοπίστηκε στάθμη δαπέδων, από καλά πατημένο χώμα, στο ίδιο επίπεδο και με υψόμετρο περίπου ίδιο με αυτό του πλακόστρωτου δρόμου (Υψόμετρο δαπέδων: +13,80μ. / υψόμετρο μαρμαρόστρωτου δρόμου: +13,85μ.). Σε ένα κατάστημα το δάπεδο αποτελείται από πλίνθινες πλάκες (πρόκειται για το 10ο κατάστημα με στρωμένες πλίνθους σε όλη την έκταση του εσωτερικού του, μεταξύ των οποίων εντοπίζονται και λίγες μαρμάρινες πλάκες, που πιθανότατα χρησιμοποιήθηκαν για την επιδιόρθωση του δαπέδου σε μεταγενέστερη φάση εικ 26-33, ενώ σε ένα δεύτερο (12ο κατάστημα) χρησιμοποιήθηκαν μαρμάρινες πλάκες από την πλατεία εικ 34-36.

Σύμφωνα με τα δεδομένα της ανασκαφικής έρευνας, τα δάπεδα στη μορφή που διατηρήθηκαν τοποθετούνται χρονολογικά μετά το δεύτερο μισό του 4ου αι. μ.Χ., πιθανότατα στον 5ο αι. Την ίδια περίοδο το εσωτερικό της κρυπτής στοάς παραχωρείται ως αποθηκευτικός χώρος στα καταστήματα με απευθείας πρόσβαση που εξασφαλίζεται από θυραία ανοίγματα που κατασκευάζονται στο βόρειο τοίχο τους εικ 37-45. Επιπλέον, παρατηρούνται μικρές, διαδοχικές μετασκευές και στο εσωτερικό τους, μεταξύ των οποίων και η ενοποίηση χώρων – καταστημάτων με τη διάνοιξη θυρών στους ενδιάμεσους, εγκάρσιους τοίχους. Αυτά τα εσωτερικά ανοίγματα φαίνεται ότι σχετικά σύντομα σφραγίζονται εικ 46-47, πιθανώς στο α΄ μισό του 5ου αι., ταυτόχρονα με κάποιες επιπλέον επεμβάσεις στις ανωδομές των διαχωριστικών τοίχων. Με αυτόν τον κύκλο των εργασιών σχετίζονται και οι προσθήκες νέων, πρόχειρα κατασκευασμένων τοίχων, οι οποίοι μεταβάλλουν το μέγεθος των καταστημάτων και τη μέχρι πρότινος κανονικότητά τους.

Οι αρχικές λειτουργίες των καταστημάτων - εργαστηρίων ανιχνεύονται σε επίπεδο κάτω από τη στάθμη των δαπέδων όπου αποκαλύφθηκαν πλίνθινες ορθογώνιες κατασκευές και λάκκοι εικ 48-54 η χρήση των οποίων, σύμφωνα με τα ανασκαφικά δεδομένα και τη μελέτη των ευρημάτων, ανάγεται στον 4ο αι. μ.Χ. Τα στοιχεία των κατασκευών και τα κινητά ευρήματα παραπέμπουν σε εργαστηριακές δραστηριότητες που μπορούν να συσχετιστούν μεταξύ άλλων με εργασίες βαφής νημάτων και βυρσοδεψία.

Η πλούσια και χαρακτηριστική κεραμική του στρώματος πάνω από τα σωζόμενα δάπεδα ανάγεται στον όψιμο 5ο και 6ο αι. μ.Χ., ενώ στην ίδια περίοδο χρονολογείται και η κεραμική που εντοπίστηκε σε λάκκους εργαστηριακής χρήσης που κατασκευάστηκαν εντός των ορίων των καταστημάτων καταστρέφοντας τα δάπεδα του 5ου αιώνα.

Σε μεταγενέστερη περίοδο οι λάκκοι αυτοί σφραγίστηκαν και δημιουργήθηκε ένα νέο επίπεδο χρήσης, περίπου 1,00μ. ψηλότερα, το οποίο εντοπίστηκε ανασκαφικά στα περισσότερα καταστήματα σε αποσπασματική κατάσταση. Για τη διαμόρφωσή του σε ένα από αυτά χρησιμοποιήθηκαν πρόχειρα στρωμένες πλίνθινες και μαρμάρινες πλάκες. Το επίπεδο αυτό σφραγίστηκε στο πρώτο μισό του 6ου αι. μ.Χ. που αποτελεί terminus antequem για το κλείσιμο των ανοιγμάτων προς την κρυπτή στοά και τη μετατροπή της στη συνέχεια σε δεξαμενή. Παράλληλα, ο πλακόστρωτος δρόμος παύει να χρησιμοποιείται και διαμορφώνεται νέο επίπεδο χρήσης, περίπου 1,00μ. ψηλότερα, σε αντιστοιχία με αυτό των καταστημάτων, η λειτουργία των οποίων συνεχίστηκε έως τους ύστερους βυζαντινούς χρόνους.

Σημαντικό εύρημα της όψιμης χρήσης – λειτουργίας τους το οποίο αποκαλύφθηκε κατά την πρώτη περίοδο των ανασκαφών στον χώρο στη δεκαετία του 1960 αποτελεί μία αποσπασματικά σωζόμενη τοιχογραφία των παλαιοχριστιανικών χρόνων (6ος αι. μ.Χ.) εικ 55-56. Εντοπίστηκε στον ανατολικό τοίχο του πρώτου χώρου από ανατολικά, στη ζώνη των καταστημάτων της νότιας περιοχής του συγκροτήματος της Αγοράς. Σώζεται σε επιφάνεια πλάτους 2,00μ. και ύψους 2,25μ. Η παράσταση διαιρείται σε δύο ζώνες. Στην κατώτερη εικονίζονται, μεταξύ βήλων και εκατέρωθεν ενός σταυρού, οι Άγιοι Ανάργυροι σε στάση δέησης. Στην ψηλότερη ζώνη, που σώζεται αποσπασματικά, παριστάνεται ένθρονος Χριστός και εκατέρωθέν του δύο όρθιες μορφές. Η παρουσία της παράστασης στον χώρο σχετίζεται με τη λειτουργία του ως πρόχειρο ιατρείο. Σύμφωνα με την άποψη του Χ.Μπακιρτζή, οι μορφές της τοιχογραφίας ταυτίζονται με μάρτυρες, Θεσσαλονικείς ή από άλλη περιοχή, ερμηνεύοντας τον χώρο ως αγίασμα. Για λόγους προστασίας και για τη συνέχιση των εργασιών στον χώρο η τοιχογραφία αποτειχίστηκε και μεταφέρθηκε για φύλαξη εκτός του αρχαιολογικού χώρου. Σήμερα εκτίθεται στο Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού.