Οι πρώτες εργασίες συντήρησης, στερέωσης και αναστήλωσης των αρχαιολογικών καταλοίπων της Αγοράς ξεκίνησαν ήδη από το 1967, παράλληλα με τις ανασκαφικές εργασίες. Επικεντρώθηκαν στην περιοχή του Ωδείου και της ανατολικής και νότιας στοάς με στόχο την ανάσχεση της φθοράς, τη διάσωση των μνημείων και την μερική αποκατάσταση της μορφής τους εικ 1-24.

Κατά τη διάρκεια της δεύτερης περιόδου των αρχαιολογικών εργασιών στη δεκαετία 1989-1999, στο πλαίσιο του προγράμματος αναστήλωσης του αρχαιολογικού χώρου και σύμφωνα με τη μελέτη διαμόρφωσης, ανάδειξης και χρήσης που εκπονήθηκε από το Α.Π.Θ. με επικεφαλής τον καθηγητή Γ.Βελένη, πραγματοποιήθηκε σειρά συστηματικών επεμβάσεων με στόχο την προστασία και την ανάδειξη των επιμέρους μνημείων και του αρχαιολογικού χώρου συνολικά. Οι επεμβάσεις αφορούσαν εργασίες στερέωσης, συμπλήρωσης – ανάκτησης, αποκατάστασης και ανακατασκευών με χρήση κατάλληλων μεθόδων και υλικών για την αρμονική ενσωμάτωση των νέων στοιχείων στα μνημεία και την διάκρισή τους από τα αυθεντικά. Ο βαθμός επέμβασης ήταν μεγαλύτερος στο ωδείο και την κρυπτή στοά, καθώς οι χώροι αυτοί, σύμφωνα με το πρόγραμμα, θα αποδίδονταν προς χρήση ενώ στα υπόλοιπα τμήματα – μνημεία του συγκροτήματος οι επεμβάσεις ήταν μικρότερης κλίμακας με στόχο την αναγνωσιμότητα και κατανόηση της αρχιτεκτονικής τους μορφής.