Η περιοχή του σημερινού αρχαιολογικού χώρου της Αγοράς της Θεσσαλονίκης εικ 1, στο κέντρο του πολεοδομικού της συγκροτήματος, κατέχει διαχρονικά σημαντική θέση στην ιστορία της πόλης. Οι πρώτες σποραδικές ιστορικές πληροφορίες για την περιοχή αναφέρονται σε δραστηριότητες και κτίρια του 12ου-13ου αιώνα, η πρώτη ωστόσο βεβαιωμένη χρήση του χώρου συνδέεται με τη συνοικία «Ρογκός» εικ 2 των ισπανόφωνων Εβραίων προσφύγων που εγκαταστάθηκαν την περιοχή τον 16ο αιώνα. Η εβραϊκή συνοικία επιβιώνει αδιάλειπτα έως το 1917, οπότε καταστράφηκε από τη μεγάλη πυρκαγιά εικ 3-5 η οποία ισοπέδωσε σχεδόν στο σύνολό του το ιστορικό κέντρο της πόλης.

Μετά την πυρκαγιά του 1917 συγκροτήθηκε με επικεφαλής τον Ε. Εμπράρ η «Διεθνής Επιτροπή Νέου Σχεδίου» με στόχο τον πολεοδομικό ανασχεδιασμό της πόλης. Στο πλαίσιο αυτό δημιουργήθηκε ο άξονας της Αριστοτέλους εικ 6, σύμφωνα με τον σχεδιασμό του οποίου, στο βόρειο τμήμα, αμέσως πάνω από την Εγνατία και νότια του χώρου της Αγοράς, θα κτιζόταν το Δημαρχιακό Μέγαρο και το κτίριο των Δικαστηρίων εικ 7-8. Το σχέδιο ανοικοδόμησης των παραπάνω κτιρίων παρέμεινε ανενεργό για δεκαετίες και η περιοχή αφέθηκε ένας ανοιχτός χώρος εικ 9-10 που φιλοξένησε προσωρινές εμπορικές και ψυχαγωγικές δραστηριότητες εικ 11, ενώ επιπλέον αποτέλεσε προσφυγική συνοικία εικ 12 αλλά και χώρο στρατιωτικών ασκήσεων εικ 13. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής η περιοχή του αρχαιολογικού χώρου της Αγοράς αποτέλεσε στρατόπεδο συγκέντρωσης πολωνών αιχμαλώτων. Στην περίοδο αυτή ανάγονται και οι πρώτες ανασκαφικές έρευνες στον χώρο υπό τις διαταγές Γερμανών αξιωματικών με την πρόφαση διάνοιξης χαρακωμάτων. Στο πλαίσιο αυτό ήρθε στο φως γυναικείο άγαλμα, η αποκαλουμένη Δέσποινα της Θεσσαλονίκης εικ 14, το οποίο, μία εβδομάδα μετά την ανεύρεση και την αρχική παραχώρησή του από τους Γερμανούς για φύλαξη στη Ροτόντα εικ 15, μεταφέρθηκε με προσωπική παρέμβαση του Χίτλερ στη Γερμανία, όπου εντάχθηκε στην προσωπική του αρχαιολογική συλλογή. Μετά το τέλος του πολέμου εντοπίστηκε στην Αυστρία από όπου επαναπατρίστηκε συνοδεία του τότε εφόρου Χ.Μακαρόνα (σήμερα εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης). Επιπλέον, αναφέρεται η ανεύρεση ενός ακόμη ανδρικού αγάλματος κατά τη διάρκεια της ίδιας περιόδου χωρίς όμως περισσότερες πληροφορίες. Από τη δεκαετία του 1950 η περιοχή είχε μετατραπεί πια σε ανοιχτό χώρο στάθμευσης και αφετηρία λεωφορείων.

Στα τέλη της δεκαετίας του 1950 το σχέδιο ανέγερσης του δικαστικού μεγάρου στη λεγόμενη πλατεία Δικαστηρίων τίθεται σε εφαρμογή με μία σημαντική αλλαγή. Αντί του χώρου της κάτω πλατείας, όπως προβλεπόταν στον αρχικό σχεδιασμό του 1917, νότια της σημερινής οδού Φιλίππου, ο οποίος τη δεκαετία του 1930 είχε μετατραπεί σε πάρκο, επιλέχθηκε η βορειότερη περιοχή όπου εκτείνεται σήμερα ο αρχαιολογικός χώρος της Αγοράς. Στις αρχές της δεκαετίας του 1960 ξεκίνησαν οι εκσκαφικές εργασίες για τη θεμελίωση του κτιρίου στο ανατολικό τμήμα του οικοπέδου κατά τη διάρκεια των οποίων αποκαλύφθηκαν τα πρώτα αρχαιολογικά κατάλοιπα σηματοδοτώντας έτσι την έναρξη της πρώτης περιόδου των αρχαιολογικών εργασιών στον χώρο της Αγοράς εικ 16.